マグマ団vsアクア団 ひみつきちの戦い

ムロジムへの再挑戦に備えて修行をしていたサトシ一行はムロ島へフィールドワークへ出かけていたオダマキ博士と再会し、一緒に洞窟内を探索する事にした。洞窟内には気弱な少年カズキの秘密基地があり、そこへ目をつけたロケット団によってパートナーのツチニンもろとも奪われてしまう。事情を聞いたサトシたちはカズキと共に奪還を試みるがその途中ホウエン地方で暗躍する2大勢力マグマ団とアクア団の対立を目撃する。奴らの目的はめざめのほこらという場所にあり、何かを蘇らせようとしていた。目的のものが無いと分かったマグマ団・アクア団双方は撤退し、その後現れたロケット団をサトシとカズキで撃退する。ポケモンバトルで1度も勝った事がなく、自信を持てずにいたカズキだったが、今回をきっかけに自信を持てるようになり、サトシとカズキはいつの日か勝負しようと約束するのだった。