古代ポケモンと謎の軍団

コトキタウンを目指して旅立ったサトシとハルカはその途中野生のルリリに遭遇しハルカがアチャモでGETを試みる。しかしルリリには進化形のマリルやマリルリが加勢してアチャモは返り討ちに遭ってしまう。急いでアチャモをポケモンセンターへ運ぶ途中サトシたちは古代遺跡で研究しているウメズに出会う。その遺跡には古代ポケモンが絶滅せずに今も生きている古代世界が残っているという。その晩はポケモンセンターで泊まることにしたサトシたちだったが古代遺跡を狙う謎の組織マグマ団がポケモンセンターに襲来。サトシたちも閉じ込められてしまうが通風口から脱出して連れ去られたウメズを助けに向かう。ウメズはマグマ団が持っていた宝玉で遺跡の扉を開き遺跡の中へ進む。マグマ団は目当てのものが無いと分かると撤退したがその後朝日が注がれてさらにもう一つの扉が開かれた。そしてサトシたちはそこで大昔から生き続けていた古代ポケモン・ジーランスを目撃する。ポケモンの神秘に触れたサトシとハルカは遺跡を後にして最初のジムがあるトウカシティを目指すのだった。