เนื้อเรื่อง : ของ ตำนานสมเด็จพระนเรศวรมหาราช ภาค 3 ยุทธนาวี เริ่มต้นหลังจากเหตุการณ์ประกาศอิสรภาพที่เมืองแครง โดยมีเส้นเรื่องหลักดังนี้
การตอบโต้จากหงสาวดี : หลังจากพระนเรศวรประกาศอิสรภาพ พระเจ้านันทบุเรงทรงพิโรธมาก จึงส่งกองทัพขนาดใหญ่กว่า 240,000 นาย นำโดยพระยาพะสิมและพระเจ้าเชียงใหม่เข้ามารุกรานอยุธยาจากหลายทิศทาง
กุศโลบายการรบ: สมเด็จพระนเรศวรทรงใช้ยุทธวิธี "เผาป่าล้อมเมือง" และการตั้งรับที่เข้มแข็งเพื่อสกัดกั้นทัพพม่าไม่ให้เข้าถึงตัวเมือง
ศึกยุทธนาวี: ไฮไลต์สำคัญของภาคนี้คือการรบทางเรือ (ยุทธนาวี) ซึ่งมีการสร้างเรือสำเภาจีนโบราณขนาดใหญ่มาใช้ในฉากการรบเพื่อไล่ล่าผู้ทรยศและสกัดกั้นกองทัพที่ยกมาทางน้ำ
ความขัดแย้งในราชสำนัก: ภาคนี้ยังนำเสนอความวุ่นวายภายในของทางหงสาวดีเอง รวมถึงการที่พระเจ้าหงสาวดีทรงระแวงเหล่าขุนนางและเจ้าเมืองต่างๆ
ฉากจบ: เนื้อเรื่องจะดำเนินไปจนถึงการที่พระองค์สามารถกู้บ้านเมืองมิให้ต้องตกเป็นประเทศราชซ้ำสองได้สำเร็จด้วยพระอัจฉริยภาพทางการศึก