Evangelion: 2.0 You Can (Not) Advance.

ทูตสวรรค์ องค์ที่สามหนีจากการถูกคุมขังและพยายามแยกตัวออกจาก ฐานทัพ เบธานี ในอาร์กติกของ NERV แต่มาคินามิผู้โด่งดังของ Mariที่เป็นนักบินคนใหม่ได้ปล่อยEvangelion Provisional Unit-05และทำลายทูตสวรรค์ด้วยการทำลาย EVA ในตัวและดีดตัวออกมาอย่างปลอดภัยในวินาทีสุดท้าย ในขณะเดียวกันชินจิ อิคาริและเก็นโดะพ่อของเขาไป เยี่ยม หลุมศพของยุยแม่และภรรยา หลังจากนั้นไม่นานเทวดาองค์ที่เจ็ดก็โจมตี แต่ยูนิต-02 ที่เพิ่งมาถึง และนักบินหัวแข็งอาสึกะ แลงลีย์ ชิกินามิก็ ถูกส่งไปอย่างรวดเร็ว คาจิเรียวจิมอบกระเป๋าเดินทางที่บรรจุ "กุญแจแห่งเนบูคัดเนสซาร์" อันลึกลับให้กับเก็นโด และตั้งข้อสังเกตว่าการทำลายยูนิต-05 เป็นไปตามแผนที่วางไว้ จากนั้น เก็นโดและโคโซ ฟุยุซึกิไปเยี่ยมชมฐานดวงจันทร์ของ NERV ที่ฐาน ทับกาเพื่อดูการก่อสร้างEvangelion Mark.06ซึ่งได้รับการสังเกตว่าแตกต่างจาก EVA อื่นๆ พวกเขาถูกปฏิเสธไม่ให้ลงจอด แต่เห็นคาโวรุ นางิสะนั่งอยู่ในอวกาศโดยไม่มีชุดอวกาศในช่วง สั้นๆ ระหว่างที่เก็นโดไม่อยู่ ทูตสวรรค์องค์ที่แปดก็โจมตีโตเกียว-3 ชินจิ อาซึกะ และเรย์ฆ่ามันในแผนการด้นสดที่คิดโดยมิซาโตะ คัตสึรางิ ทั้งยูนิต-00และยูนิต-01ได้รับความเสียหาย เก็นโดกลับมาและขอให้ซ่อมแซมทั้งคู่ แต่ SEELE อนุญาตให้ซ่อมแซมเฉพาะยูนิต-01 เท่านั้น ในความพยายามที่จะรักษาความสัมพันธ์ระหว่างเก็นโดะและชินจิ เรย์จึงเตรียมงานเลี้ยงอาหารค่ำ ในเวลาเดียวกัน มาริก็มาถึงโตเกียว-3 ต่อมายูนิต-04และสาขาในสหรัฐฯ ของ NERV ถูกทำลายในระหว่างการทดลอง ส่งผลให้รัฐบาลสหรัฐฯ ส่งยูนิต-03ไปยังโตเกียว-3 เนื่องจากข้อตกลงระหว่างประเทศที่อนุญาตให้มี Evangelions ที่ทำงานได้ไม่เกินสามตัวต่อประเทศในแต่ละครั้ง NERV จึงปิดผนึกยูนิต-02 และกำหนดเวลาการทดสอบยูนิต-03 ในวันเดียวกับงานเลี้ยงอาหารค่ำของ Rei อะซึกะอาสารับหน้าที่นักบินทดสอบแทนเรย์เพื่อหลีกเลี่ยงงานปาร์ตี้ เมื่ออะซึกะเปิดใช้งานยูนิต-03 นางฟ้าองค์ที่เก้าก็เข้าครอบครอง EVA และออกอาละวาด ชินจิเป็นนักบินยูนิต-01 แต่ปฏิเสธที่จะต่อสู้กับเทวดาเพราะกลัวว่าจะทำร้ายอาสึกะที่ยังคงติดอยู่ข้างใน เก็นโดะสั่งให้เปิดใช้งานระบบจำลอง ซึ่งทำให้ยูนิต-01 เป็นอิสระ และปล่อยให้มันทำลายยูนิต-03 อย่างโหดเหี้ยม และบดขยี้ห้องนักบินด้วยฟันของมัน ชินจิรู้สึกเจ็บปวดจากการตัดสินใจอันเย็นชาของพ่อจึงออกจากเนิร์ฟ อะซึกะรอดชีวิตมาได้