The Great Flood berkisah tentang banjir besar yang melanda Bumi dan menenggelamkan sebagian besar wilayah, termasuk Korea Selatan. Di tengah kekacauan itu, Koo An Na, seorang peneliti kecerdasan buatan, terjebak di sebuah gedung apartemen bertingkat bersama anaknya, Ja In, saat air terus naik dan akses penyelamatan makin terbatas.
Dalam upaya menyelamatkan diri, An Naa bertemu dengan Son Hui Jo, anggota tim keamanan yang mengaku ditugaskan untuk mengevakuasinya. Namun, seiring perjalanan menuju atap gedung, An Naa mulai menyadari bahwa penyelamatan ini tidak sesederhana upaya evakuasi biasa.
Di balik bencana banjir, tersimpan proyek besar yang berkaitan dengan pengembangan kecerdasan buatan dan masa depan umat manusia. An Na harus menghadapi pilihan sulit antara keselamatan anaknya dan peran penting yang tanpa ia sadari selama ini menjadi kunci bagi kelangsungan hidup manusia.