Trò chơi bắt đầu bằng việc Lara Croft thực hiện chuyến thám hiểm đầu tiên của mình trên chiếc tàu Endurance, với ý định tìm kiếm vương quốc bí ẩn Yamatai. Nghe theo gợi ý của Lara và phản đối lời khuyên của Whitman, đoàn thám hiểm tiến vào vùng biển Tam giác Rồng ngoài khơi Nhật Bản. Con tàu đụng độ một cơn bão dữ dội và bị đắm, để lại những người sống sót bị mắc kẹt trên một hòn đảo bị cô lập. Lara bị tách ra và bị một kẻ lạ mặt bắt giữ, nhưng may mắn trốn thoát. Cô tìm thấy bạn của mình, Sam, đi với một người đàn ông lạ mặt tên Mathias, ông ta nói mình là một người thầy của những kẻ bị đắm tàu trên đảo. Trong khi Sam nói chuyện với Mathias về những huyền thoại về Himiko (Nữ hoàng của vương quốc Yamatai), Lara bỗng ngủ thiếp đi; đến khi cô tỉnh dậy thì Mathias và Sam đã biến mất. Khi Lara gặp lại những người sống sót khác, mọi người trong nhóm quyết định chia người, Whitman đi với Lara tìm kiếm Roth - thành viên vẫn còn mất tích, trong khi những người còn lại (Reyes, Jonah, Alex và Grim) tìm Sam và Mathias. Lara và Whitman khám phá ra rằng cư dân trên đảo thờ Himiko, từ đó xác nhận rằng hòn đảo này chính là Yamatai. Khi phát hiện một đền thờ Himiko, họ bị cư dân trên đảo bắt giữ. Lara cố gắng trốn thoát và gặp Roth, cứu ông ta khỏi bị sói tấn công.Lara tìm cách kích hoạt một tháp tín hiệu và kêu gọi giúp đỡ, nhưng chiếc máy bay đến cứu bị một cơn bão phá hủy, và Lara nghe thấy trong cơn bão có một giọng nói bí ẩn bằng tiếng Nhật: "Không ai được phép rời khỏi đây". Bất chấp lời can ngăn của Roth, cô tìm cách cứu các phi công gặp nạn nhưng thất bại. Alex và Reyes liên lạc, nói rằng Sam đã bị người dân trên đảo bắt cóc, một giáo phái bạo lực được gọi là Solarii Brotherhood. Lara cố gắng cứu Sam, nhưng bị Mathias, hiện nguyên hình là lãnh đạo của Solarii, bắt được và ra lệnh giết; cô được cứu nhờ cuộc tấn công của một đạo quân samurai gọi là Oni. Thoát khỏi một tu viện cổ nơi cô bị Oni bắt đem đến, Lara được Sam lén gọi điện tới nói rằng Mathias sẽ đưa cô đến "Lễ thă