Sean Anderson menerima pesan misterius yang membawanya bersama ayah tirinya, Hank, menuju sebuah pulau yang selama ini dianggap legenda. Di sana, mereka menemukan dunia luar biasa dengan hewan-hewan raksasa, kota Atlantis yang hilang, dan harta karun melimpah. Namun, petualangan mereka berubah menjadi mimpi buruk ketika pulau tersebut mulai tenggelam. Bersama sang kakek dan teman-teman barunya, Sean harus menemukan cara untuk menyelamatkan diri sebelum semuanya terlambat!