Cerita berpusat pada Teppei Takamiya, seorang pemuda tangguh yang tinggal di Pulau Kamui. Kakaknya, Kotaro Takamiya, adalah seorang ilmuwan jenius di bidang robotika. Kehidupan mereka berubah drastis ketika Kotaro diculik oleh organisasi bayangan global yang dikenal sebagai Kekaisaran Mesin (Machine Empire) saat menghadiri konferensi sains. Tujuan Kekaisaran Mesin menculik Kotaro adalah untuk memanfaatkan kejeniusannya demi membangkitkan dan mengendalikan B't Raffaello, sebuah mecha organik raksasa mutakhir yang dapat berevolusi tak terkendali dan mengancam keselamatan bumi.