Ben-To menceritakan kisah You Satou, seorang siswa SMA yang baru saja pindah ke asrama sekolah. Karena kondisi keuangannya yang sangat terbatas, Satou harus menghemat pengeluaran untuk bertahan hidup, terutama dalam hal makanan.
Suatu hari, Satou pergi ke supermarket lokal dan menemukan bento (makanan kotak siap saji) yang dijual dengan diskon setengah harga. Namun, saat hendak mengambil bento tersebut, tiba-tiba pertempuran sengit dan brutal pecah di antara para pembeli yang memperebutkan bento diskon itu. Satou tidak sengaja pingsan dalam kegelapan pertempuran tersebut dan terbangun tanpa ingatan jelas tentang apa yang telah terjadi.
Keesokan harinya, Satou menyadari bahwa dunia perebutan bento diskon di supermarket adalah sebuah "medan pertempuran" rahasia yang memiliki aturan, tradisi, dan tingkatan (seperti julukan bagi petarung terkuat yang disebut Wolves / Serigala).
Dipandu oleh Sen Yarizui (seorang siswi senior berkemampuan hebat yang dijuluki The Ice Witch), Satou bergabung dengan Klub Pecinta Bento Diskon (Half-Priced Food Lovers Club). Di sana, ia dilatih untuk meningkatkan kemampuan bertarungnya demi bisa memenangkan makanan lelah-payahnya setiap malam dan bertahan hidup dari petarung-petarung kuat lainnya