Cerita berpusat pada Iori Kitahara, seorang mahasiswa baru di Universitas Izu. Ia memutuskan pindah ke kota pesisir Izu dan tinggal di toko peralatan selam milik pamannya yang bernama "Grand Blue". Iori membayangkan kehidupan kuliahnya akan berjalan normal, indah, penuh romansa, dan dikelilingi gadis-gadis cantik.
Namun, ekspektasinya langsung hancur berantakan di hari pertama. Ia malah terjerumus dan dipaksa bergabung ke dalam Klub Selam bernama "Peek-a-Boo" (PaB). Bukannya fokus menyelam, klub ini justru diisi oleh senior-senior berotot yang eksentrik, hobi berpesta liar, minum-minum alkohol kadar tinggi (seperti "Oolong Tea" khas mereka yang bisa terbakar), dan memiliki kebiasaan aneh sering bertelanjang dada atau bahkan telanjang bulat.