Anime Ruri no Houseki bercerita tentang seorang gadis SMA bernama Ruri Tanigawa yang sangat menyukai benda-benda berkilauan seperti kristal dan berlian. Karena rasa penasarannya, ia pergi ke pegunungan tempat kakeknya dulu sering menemukan kristal. Dalam perjalanannya mencari batu kristal, Ruri bertemu dengan seorang bernama Nagi, dan pertemuan itu membuka petualangan baru yang penuh penemuan menarik, persahabatan, serta pelajaran berharga tentang ketekunan dan rasa ingin tahu.