ตอนที่ 1 คุมสภานักเรียน! Medaka Box คุโรคามิ มาดากะ สปอย

Medaka กล่าวคำปราศัยนักเรียนในฐานะประธานสภานักเรียนที่เพิ่งได้รับเลือกตั้ง โดยขอให้นักเรียนทุกคนส่งปัญหาใดๆ ของตัวเองลงไปในกล่องรับเรื่องร้องทุกข์ ซึ่งมีบรรดาศักดิ์ว่า "Medaka Box" ในชั้นเรียน ม.4 เซนกิจิพูดคุยเกี่ยวกับการเลือกตั้งล่าสุดของเมดากะกับชิรานุอิ โดยคนแรกแสดงความคิดเห็นว่าเมดากะคุ้นเคยกับการยืนอยู่เหนือผู้คน ทั้งสองคุยกันถึงความสำเร็จมากมายของเมดากะ ก่อนที่ชิรานุอิจะถามเซนกิจิว่าเขาวางแผนจะเข้าร่วมสภานักเรียนไหม เซนกิจิยืนกรานว่าจะไม่ทำ แต่เมดากะปรากฏตัวข้างหลังและลากเขาออกไป เมื่อฮิวงะตั้งคำถามว่าเซนกิจิอยู่ที่ไหน ชิรานุอิก็บอกว่าถูกประธานนักเรียนจับตัวไปแล้ว ในห้องสภานักเรียน เซนกิจิบ่นกับเมดากะเกี่ยวกับที่เธอปฏิบัติต่อเขา แต่ต้องตกใจเมื่อพบว่าเธอถอดเสื้อผ้าออกทำไม เธอควรมีความละอายบ้างนะ เมดากะไม่ถือ เพราะเราเคยอาบน้ำด้วยกันจนถึงป.6 เลย ถึงแม้เธอจะไม่เคยหางานที่ท้าทาย แต่เธอก็อยากให้เซนกิจิอยู่เคียงข้างเธอ จากนั้นเธอก็อ่านคำขอแรกของกล่องรับเรื่องร้องทุกข์ ให้เคลียร์ห้องชมรมเคนโด้จากผู้กระทำความผิด เมดากะและเซนกิจิจึงมุ่งหน้าไปที่ห้องชมรมเคนโด้ โดยที่ทั้งสองคนเผชิญหน้ากับโมจิ ผู้นำผู้กระทำผิดซึ่งเป็น 2% ที่เหลือที่ไม่ได้เลือกเมดากะ เมดากะปลดอาวุธโมจิได้อย่างง่ายดาย เธอก็มอบดาบให้เซนกิจิ ผู้กระทำความผิดจึงล้อมคนทั้งสองไว้ แต่แล้วเธอก็ยึดบุหรี่ไปได้อย่างง่ายดาย เมดากะเทศนาต่อชมรมเคนโด้ โดยเชื่อว่าผู้กระทำผิดทุกคนต้องทนทุกข์ทรมานกับโศกนาฏกรรมครั้งใหญ่จนกลายเป็นคนกระทำผิดก่อนที่จะสัญญาว่าจะเจาะวิถีแห่งดาบใส่ เพื่อที่ผู้กระทำผิดจะไม่ถูกชักนำให้หลงทางอีกต่อไป ระหว่างรับประทานอาหารกลางวันกับเซนกิจิ ชิรานุอิแสดงความคิดเห็นว่าเขาถูกลากไปพร้อมกับเมดากะในภารกิจของเธอ เมดากะไม่รู้ว่าเธอยิ่งใหญ่กว่าคนอื่นมากแค่ไหน และเธอไม่เข้าใจความรู้สึกของคนที่พยายามอย่างหนักและไม่ประสบความสำเร็จ เมดากะจะไม่หยุดจนกว่าเธอจะปฏิรูปชมรมเคนโด้ เมื่อเซนกิจิมาถึงห้องชมรมเคนโด้ และพบว่าอาคารที่ครั้งหนึ่งเคยสกปรกนั้นได้รับการทำความสะอาดอย่างดี เมดากะบอกเซนกิจิว่ามาสาย เนื่องจากเธอทำความสะอาดห้องโถงทั้งหมดด้วยตัวเอง เซนกิจิตำหนิเธอที่ทำทั้งหมดนี้เพื่อคนแปลกหน้า แต่เมดากะรู้สึกมีความสุขก็ต่อเมื่อเธอช่วยเหลือผู้อื่นเท่านั้น เซนกิจิกำลังจะออกไป แต่ต้องตกใจเมื่อพบว่าสมาชิกชมร