Di tahun Era Kosmik 0071, koloni luar angkasa Heliopolis tetap netral dalam perang besar yang berkecamuk di galaksi antara Koordinator, manusia yang sifat biologisnya telah diubah sebelum lahir, dan Naturals, orang-orang yang tidak berubah yang tetap berada di planet Bumi. Kebencian mendalam Naturals terhadap Koordinator mendorong makhluk maju ke luar angkasa, mencari perlindungan di koloni buatan manusia. Kira Yamato adalah Koordinator dan mahasiswa di Heliopolis, ketika hidupnya berantakan saat ZAFT, organisasi militer yang terdiri dari Koordinator pemberontak, menyerang koloni dalam upaya untuk mencuri satu set lima mobil militer canggih jas yang dikenal sebagai Gundam. Sementara ZAFT berhasil lolos dengan empat mobile suit, Kira mengendalikan Gundam terakhir, Strike. Selamat dari pertempuran, Kira dan teman-teman kuliahnya bergabung dengan kru Malaikat Agung, sebuah kapal yang dijalankan oleh Aliansi Bumi, dan para prajurit muda mengalami kengerian perang dan kerugian yang menyertainya
Di tahun Era Kosmik 0071, koloni luar angkasa Heliopolis tetap netral dalam perang besar yang berkecamuk di galaksi antara Koordinator, manusia yang sifat biologisnya telah diubah sebelum lahir, dan Naturals, orang-orang yang tidak berubah yang tetap berada di planet Bumi. Kebencian mendalam Naturals terhadap Koordinator mendorong makhluk maju ke luar angkasa, mencari perlindungan di koloni buatan manusia. Kira Yamato adalah Koordinator dan mahasiswa di Heliopolis, ketika hidupnya berantakan saat ZAFT, organisasi militer yang terdiri dari Koordinator pemberontak, menyerang koloni dalam upaya untuk mencuri satu set lima mobil militer canggih jas yang dikenal sebagai Gundam. Sementara ZAFT berhasil lolos dengan empat mobile suit, Kira mengendalikan Gundam terakhir, Strike. Selamat dari pertempuran, Kira dan teman-teman kuliahnya bergabung dengan kru Malaikat Agung, sebuah kapal yang dijalankan oleh Aliansi Bumi, dan para prajurit muda mengalami kengerian perang dan kerugian yang menyertainya