海の博物館を守れ! マグマ団の襲撃!!

サトシとマサトはカイナシティにある海の博物館を訪れるが休館だった。どうしても中を見たいマサトが裏側に回って入ろうとしたところを地元の少年ヨウスケに見つかり泥棒だと疑われてしまう。疑いはすぐに晴れ、後から現れたクスノキ館長に博物館を開けてもらえることになった。クスノキ館長は最近海底で見つかった黒く焦げた岩の研究をしていたが後から現れたマグマ団によって奪われてしまう。サトシたちもピカチュウを狙うロケット団の罠にはまり捕まってしまったが、ロケット団とマグマ団が衝突している間に脱出し、マグマ団から岩を取り戻そうとするが逃げられてしまう。目的は一体何なのか!? マグマ団の行動が気になるサトシであった。