ワカバタウン はじまりをつけるかぜがふくまち

森を彷徨い歩いていたサトシ一行は湖で謎のポケモンに出くわしそのポケモンを追って行くと目的地のワカバタウンに辿り着く。さっそくジョウトリーグへの出場登録を済ませようとポケモンセンターを訪れるがジョーイさんは不在だった。そしてジョーイさんが向かったウツギ博士の研究所を訪れるとジョウト地方の初心者用ポケモンの1匹・ワニノコが何者かによって奪われる事件が起きていた。サトシは旅立った日を思い出しながらワニノコを受け取る予定の新人トレーナーのためにもとワニノコの捜索に協力する。やがてその犯人がロケット団の三人組だと分かり、総力をもってロケット団を撃退しワニノコを奪還する。その後サトシは無事ジョウトリーグ出場の登録を済ませ、ワカバタウンから一番近いジムがあるキキョウシティへと向かうのだった。