Cerita dalam Insomniacs After School berfokus pada Nakami Ganta, seorang pemuda, dan Magari Isaki, seorang gadis, yang sama-sama mengalami masalah tidur, yaitu insomnia. Setiap hari, mereka hidup dalam ketidakpastian akibat gangguan tidur dan kekurangan tidur yang mereka hadapi.