Tahun 2199, umat manusia telah hancur dalam peperangan melawan Gamilas. Para ilmuan memperkirakan keberlangsungan hidup manusia hanya tinggal satu tahun. Dua kru muda Kodai Susumu dan Shima Daisuke, bersama dengan pemimpin baru lainnya, kini di bawah komando Kapten Okita Juuzou. Mereka dipaksa belajar menggunakan kapal dengan teknologi inovatif untuk menghadapi serangan dari armada Gamilas. Para tokoh berpengalaman dari Uchuu Senkan Yamato 2199 harus menumbuhkan tekad mereka semua untuk bertahan hidup dan menyelesaikan misi mereka untuk menyelamatkan umat manusia sebelum terlambat.