パールルとバネブー! しんじゅをさがせ!

次のジムがあるトクサネシティを目指して島から島へと移動していたサトシ一行は海の上で板に乗ってプカプカと浮いていたいつかのバネブーと再会する。ところがバネブーは姿勢を崩した時に大事な真珠を落としてしまい、サトシ達は以前のように真珠探しを手伝う事になってしまった。サトシ達が降り立ったレフレ島にはパールルが多く生息しており、真珠の研究をしているイザキによればバネブーの真珠はパールルが宿したものだと言う。研究所には珍しい青い真珠もあり、やがて現れたロケット団がそれを奪おうとしたが、バネブーに横取りされてしまった。さらにバネブーが再び姿勢を崩した時、青い真珠は野生のパールルが持っていた普通の真珠とすり替わってしまった。サトシ達は何とかバネブーとパールルを見つけることが出来たが再度現れたロケット団によってパールルが攫われてしまった。ロケット団はパールルの殻をこじ開けて中の真珠を奪おうとするがなかなか開けることが出来ず、そうこうしている間にサトシ達に見つかり撃退された。青真珠はイザキの元に戻り、普通の真珠もパールルに戻ったが、バネブーは真珠を無くしたままだった。落ち込むバネブーを見たパールルは自分をロケット団から助けてくれたお礼にと自分の真珠をバネブーに譲り、全ては丸く収まるのだった。